O Conselho de Administração aprova o orçamento e verifica a sua execução, nomeia o diretor executivo e o diretor executivo adjunto e assegura a transparência dos procedimentos de tomada de decisão da Agência. Enquanto representante legal da Agência, as atividades do diretor executivo são diretamente responsáveis perante este órgão de administração.
O Conselho de Administração, que reúne cinco vezes por ano, é composto por representantes dos chefes das autoridades fronteiriças dos 26 Estados-Membros da UE vinculados pelas disposições relativas ao espaço Schengen, bem como por dois membros da Comissão Europeia. A Islândia, o Listenstaine, a Noruega e a Suíça, que não são Estados-Membros da UE mas são países associados de Schengen, também enviam um representante ao Conselho de Administração, mas têm direitos de voto limitados.
Os representantes do Reino Unido e da República da Irlanda são igualmente convidados a participar nas reuniões do Conselho de Administração, mas não têm direito de voto devido à sua decisão (antes da criação da Frontex em 2004) de participar apenas parcialmente na cooperação Schengen.