Poszanowanie i ochrona praw podstawowych ma kluczowe znaczenie dla ogółu działalności Frontexu. Przed rozpoczęciem służby pracownicy Agencji i krajowi funkcjonariusze uczestniczący w jej operacjach przechodzą szkolenia dotyczące praw podstawowych i dostępu do ochrony międzynarodowej, a w każdym planie operacyjnym jest zapisany obowiązek zgłaszania potencjalnych naruszeń praw podstawowych.
Urzędnik ds. praw podstawowych, który wypełnia wszystkie swoje obowiązki w sposób niezależny, podlega bezpośrednio zarządowi i współpracuje z forum konsultacyjnym ds. praw podstawowych. Dyrektora wykonawczego i zarząd wspiera forum konsultacyjne, które zapewnia niezależne doradztwo w kwestiach dotyczących praw podstawowych. W jego skład wchodzi troje członków stałych, trzy organizacje międzynarodowe i dziewięć organizacji społeczeństwa obywatelskiego wybieranych na trzyletnią kadencję:
- Agencja Praw Podstawowych Unii Europejskiej (FRA)Europejski Urząd Wsparcia w dziedzinie Azylu (EASO)
- Wysoki Komisarz Narodów Zjednoczonych ds. Uchodźców (UNHCR)
- Rada Europy (RE)
- Międzynarodowa Organizacja ds. Migracji (IOM)
- Organizacja Bezpieczeństwa i Współpracy w Europie (OBWE)
- AIRE Centre
- Biuro Amnesty International ds. Instytucji Europejskich (AI-EIO)
- Caritas Europa
- Komitet Kościołów na rzecz Migrantów w Europie (CCME)
- Europejska Rada ds. Uchodźców i Wypędzonych (ECRE)
- Międzynarodowa Komisja Prawników (ICJ)
- Jezuicka Służba Uchodźcom (JRS)
- Platforma międzynarodowej współpracy ds. migrantów nieposiadających dokumentów (PICUM)
- Biuro Czerwonego Krzyża w UE (RCEU)