Među aktivnostima Agencije najuočljivije su zajedničke operacije. Kako bi pomogao državama članicama koje se suočavaju s problemima na vanjskim granicama EU-a, Frontex u njih raspoređuje stotine službenika granične i obalne straže te brodove, automobile, zrakoplove i drugu opremu. Te se operacije odvijaju na europskim morskim i kopnenim granicama te u međunarodnim zračnim lukama. Frontex u svoje operacije trenutačno raspoređuje specijalizirane službenike i opremu uglavnom iz država članica EU-a i zemalja pridruženih schengenskom prostoru, ali Agencija planira zakupiti i kupiti vlastitu opremu. Frontex na raspolaganju ima i skupinu od najmanje 1 500 službenika koje je u roku od pet dana moguće razmjestiti za rješavanje hitnih slučajeva na granicama Europe.
Agencija svojim operacijama na moru koje se odvijaju u Sredozemlju pruža potporu Italiji, Grčkoj i Španjolskoj u rješavanju migracijskog pritiska te tim operacijama istodobno pomaže i u borbi protiv različitih oblika prekograničnog kriminala. Operacije na moru uključuju dodatne zadaće, kao što su praćenje onečišćenja i nezakonitog ribolova. One se provode u suradnji s drugim agencijama EU-a, posebno s Europolom, Europskom agencijom za pomorsku sigurnost (EMSA) i Europskom agencijom za kontrolu ribarstva (EFCA).
