Ceadaíonn an Bord Bainistíochta an buiséad agus fíoraíonn sé forghníomhú an bhuiséid sin, ceapann sé na Stiúrthóirí Feidhmiúcháin agus Leas-Stiúrthóirí Feidhmiúcháin, agus cinntíonn sé trédhearcacht i gcás nósanna imeachta cinnteoireachta na Gníomhaireachta. Mar ionadaí dlíthiúil na Gníomhaireachta, tá gníomhaíochtaí an Stiúrthóra Feidhmiúcháin cuntasach don chomhlacht rialachais seo.
Ar an mBord Bainistíochta , a chruinníonn cúig huaire sa bhliain, tá ionadaithe ó cheannairí na n-údarás teorann sna 26 Bhallstát den AE atá faoi cheangal ag forálacha ar Limistéar Schengen, chomh maith le beirt chomhaltaí ón gCoimisiún Eorpach. Cuireann an Íoslainn, Lichtéinstéin, an Iorua agus an Eilvéis, nach Ballstáit den AE iad ach atá ina mbaill de Limistéar Schengen, ionadaí chuig an mBord Bainistíochta freisin, agus tá cearta teoranta vótála acu.
Tugtar cuireadh d’ionadaithe ón Ríocht Aontaithe agus ó Phoblacht na hÉireann chun páirt a ghlacadh i gcruinnithe de chuid an Bhoird Bainistíochta, ach níl aon cheart vótála acu de bharr a gcinnidh (roimh bhunú Frontex in 2004) le bheith rannpháirteach ar bhonn páirteach amháin i gcomhar Schengen.