Le conseil d’administration approuve le budget et en vérifie l'exécution, nomme le directeur exécutif et son adjoint, et assure la transparence des processus décisionnels de l’Agence. En sa qualité de représentant légal de l’Agence, le directeur exécutif rend directement compte de ses activités devant cet organe de gouvernance.
Le conseil d’administration, qui se réunit cinq fois par an, est composé de représentants des responsables des autorités de gestion des frontières des 26 États membres de l’UE liés par les dispositions sur l’espace Schengen, ainsi que de deux membres de la Commission européenne. L’Islande, le Liechtenstein, la Norvège et la Suisse, qui ne sont pas des États membres de l’UE mais des pays associés à l’espace Schengen, délèguent également un représentant au conseil d’administration. Toutefois, leurs droits de vote sont limités.
Les représentants du Royaume-Uni et de la République d’Irlande sont également invités à participer aux réunions du conseil d’administration, mais ils n’ont pas de droit de vote en raison de leur décision (avant la création de Frontex en 2004) de ne participer qu’en partie à la coopération Schengen.