Spoštovanje in varovanje temeljnih pravic sta ključnega pomena za vse dejavnosti agencije Frontex. Osebje agencije in nacionalni uradniki, ki sodelujejo v operacijah agencije Frontex, so pred napotitvijo deležni usposabljanja o temeljnih pravicah in dostopu do mednarodne zaščite, obveznost poročanja o morebitnih kršitvah temeljnih pravic pa je vključena v vsak operativni načrt.
Uradnik za temeljne pravice, ki je pri opravljanju vseh svojih nalog neodvisen, poroča neposredno upravnemu odboru in sodeluje s posvetovalnim forumom za temeljne pravice. Posvetovalni forum izvršnemu direktorju in upravnemu odboru pomaga z neodvisnim svetovanjem pri vprašanjih v zvezi s temeljnimi pravicami. Sestavljajo ga trije stalni člani, tri mednarodne organizacije in devet organizacij civilne družbe, ki so izbrane za obdobje treh let:
Stalni člani:
- Agencija Evropske unije za temeljne pravice (FRA)
- Evropski azilni podporni urad (EASO)
- Visoki komisar Združenih narodov za begunce (UNHCR)
Mednarodne organizacije:
- Svet Evrope
- Mednarodna organizacija za migracije (IOM)
- Organizacija za varnost in sodelovanje v Evropi (OVSE)
Organizacije civilne družbe trenutno zastopajo:
- AIRE Centre
- Amnesty International za evropske institucije (AI – EIO)
- Caritas Europa
- Komisija cerkva za migrante v Evropi (CCME)
- Evropski svet za begunce in izgnance (ECRE)
- Mednarodna komisija pravnikov (ICJ)
- Jezuitska organizacija za begunce (JRS)
- Platforma za mednarodno sodelovanje o migrantih brez dokumentov (PICUM)
- Urad rdečega križa za EU (RCEU)
Poizvedbe glede področij, ki jih pokriva urad za temeljne pravice, se pošljejo na naslov FRO@frontex.europa.eu