Základom všetkých činností agentúry je dodržiavanie a ochrana základných práv. Zamestnanci agentúry a pracovníci z jednotlivých štátov, ktorí sa zúčastňujú na operáciách Frontexu, absolvujú pred nasadením odbornú prípravu o základných právach a prístupe k medzinárodnej ochrane, pričom povinnosť oznamovať možné porušenia základných práv je začlenená do každého operačného plánu.
Pracovník pre základné práva, ktorý je pri výkone všetkých svojich povinností nezávislý, podlieha priamo riadiacej rade a spolupracuje s konzultačným fórom pre základné práva. Konzultačné fórum pomáha výkonnému riaditeľovi a riadiacej rade s nezávislým poradenstvom v oblasti základných práv. Pozostáva z troch stálych členov, troch medzinárodných organizácií a deviatich organizácií občianskej spoločnosti vybraných na trojročné obdobie:
Stáli členovia:
- Agentúra Európskej únie pre základné práva (FRA)
- Európsky podporný úrad pre azyl (EASO)
- Vysoký komisár Organizácie Spojených národov pre utečencov (UNHCR)
Medzinárodné organizácie:
- Rada Európy (RE)
- Medzinárodná organizácia pre migráciu (IOM)
- Organizácia pre bezpečnosť a spoluprácu v Európe (OBSE)
V súčasnosti sú zastúpené tieto organizácie občianskej spoločnosti:
- AIRE Centre
- Amnesty International European Institutions Office (AI- EIO)
- Caritas Europa
- Cirkevná komisia pre migrantov v Európe (CCME)
- Európska rada pre utečencov a exulantov (ECRE)
- Medzinárodná komisia právnikov (ICJ)
- Jezuitská služba pre utečencov (JRS)
- Platforma pre medzinárodnú spoluprácu v oblasti nelegálnych migrantov (PICUM)
- Úrad Červeného kríža (RCEU)
Otázky týkajúce sa oblastí, ktoré patria do pôsobnosti Kancelárie pre základné práva je potrebné zasielať na adresu FRO@frontex.europa.eu