Operațiunile comune sunt cele mai vizibile printre activitățile Agenției. Frontex detașează sute de ofițeri de frontieră și Gardă de Coastă, împreună cu nave, mașini, avioane și alte echipamente pentru a ajuta statele membre care se confruntă cu provocări la frontierele externe ale UE. Aceste operațiuni au loc la frontierele maritime și terestre ale Europei, precum și în aeroporturi internaționale. În prezent, Frontex se bazează, în cea mai mare parte, pe statele membre ale UE și pe țările asociate Schengen pentru a detașa ofițeri specializați și echipament pentru operațiunile sale, dar Agenția se îndreaptă spre leasing și cumpărarea propriului echipament. De asemenea, Frontex poate conta pe un grup de cel puțin 1 500 de ofițeri care pot fi detașați în termen de cinci zile pentru a face față situațiilor de urgență la frontierele Europei.
În timp ce operațiunile maritime ale agenției, care se desfășoară în Marea Mediterană, sprijină Italia, Grecia și Spania în abordarea presiunii migratorii, toate operațiunile agenției ajută de asemenea la combaterea diferitelor forme de criminalitate transfrontalieră. Operațiunile maritime includ sarcini suplimentare, cum ar fi monitorizarea poluării și a pescuitului ilegal. Acestea sunt puse în aplicare în cooperare cu alte agenții ale UE, în special Europol, Agenția Europeană pentru Siguranța Maritimă (EMSA) și Agenția Europeană pentru Controlul Pescuitului (EFCA).
