Operazzjonijiet konġunti huma l-aktar viżibbli fost l-attivitajiet tal-aġenzija. Frontex tiskjera mijiet ta’ uffiċjali tal-gwardja tal-fruntiera u tal-kosta, flimkien ma’ dgħajjes, karozzi, ajruplani u tagħmir ieħor biex tgħin lill-Istati Membri li qegħdin jiffaċċjaw sfidi fil-fruntieri esterni tal-UE. Dawn l-operazzjonijiet iseħħu fil-fruntieri tal-baħar u fuq l-art tal-Ewropa, kif ukoll fl-ajruporti internazzjonali. Bħalissa Frontex tiddependi l-aktar fuq l-Istati Membri tal-UE u fuq il-Pajjiżi Assoċjati ma’ Schengen biex jipprovdu l-uffiċjali speċjalizzati u t-tagħmir għall-operazzjonijiet tagħha, iżda l-aġenzija qed tersaq lejn il-kiri u x-xiri tat-tagħmir tagħha stess. Frontex tista’ sserraħ ukoll fuq ir-riżerva ta’ mill-inqas 1 500 uffiċjal li jistgħu jiġu skjerati fi żmien ħamest ijiem biex jindirizzaw emerġenzi fil-fruntieri tal-Ewropa.
Filwaqt li l-operazzjonijiet tal-baħar tal-aġenzija li qed jseħħu fil-Mediterran jappoġġaw lill-Italja, lill-Greċja u lil Spanja fl-indirizzar tal-pressjoni migratorja, l-operazzjonijiet kollha tal-aġenzija jgħinu wkoll biex jiġu indirizzati diversi forom ta’ kriminalità transkonfinali. L-operazzjonijiet tal-baħar jinkludu kompiti addizzjonali, bħall-monitoraġġ ta’ tniġġis u sajd illegali. Dawn huma implimentati bil-kooperazzjoni ta’ aġenziji oħra tal-UE, speċjalment l-Europol, l-Aġenzija Ewropea għas-Sigurtà Marittima (EMSA) u l-Aġenzija Ewropea għall-Kontroll tas-Sajd (EFCA).