Il-Bord tat-Tmexxija japprova l-baġit u jivverifika t-twettiq tiegħu, jaħtar lid-Direttur Eżekuttiv u lid-Deputat Direttur Eżekuttiv, u jiżgura t-trasparenza tal-proċeduri ta’ teħid ta’ deċiżjonijiet tal-Aġenzija. Bħala r-rappreżentant legali tal-Aġenzija, l-attivitajiet tad-Direttur Eżekuttiv jagħtu rendikont dirett lil dan il-korp governattiv.
Il-Bord tat-Tmexxija, li jiltaqa’ ħames darbiet fis-sena, huwa magħmul minn rappreżentanti tal-kapijiet tal-awtoritajiet tal-fruntieri tas-26 Stat Membru tal-UE marbuta mid-dispożizzjonijiet dwar iż-Żona Schengen, kif ukoll żewġ membri tal-Kummissjoni Ewropea. L-Iżlanda, il-Liechtenstein, in-Norveġja u l-Iżvizzera, li mhumiex Stati Membri tal-UE iżda huma Pajjiżi Assoċjati ma’ Schengen, ukoll jibagħtu rappreżentant lill-Bord tat-Tmexxija, iżda għandhom drittijiet tal-vot limitati.
Rappreżentanti tar-Renju Unit u tar-Repubblika tal-Irlanda huma wkoll mistiedna jieħdu sehem fil-laqgħat tal-Bord tat-Tmexxija, iżda ma għandhomx drittijiet tal-vot minħabba d-deċiżjoni tagħhom (qabel l-istabbiliment tal-Frontex fl-2004) li jipparteċipaw biss parzjalment fil-kooperazzjoni ta’ Schengen.