Visu Frontex darbību pamatā ir pamattiesību ievērošana un aizsardzība. Aģentūras darbinieki un valstu amatpersonas, kas piedalās Frontex operācijās, pirms izvietošanas saņem apmācību par pamattiesībām un piekļuvi starptautiskajai aizsardzībai, savukārt pienākums ziņot par iespējamiem pamattiesību pārkāpumiem ir iekļauts ikvienā operatīvajā plānā.
Pamattiesību amatpersona, kas ir neatkarīga savu pienākumu veikšanā, ir tieši pakļauta valdei un sadarbojas ar Konsultatīvo forumu pamattiesību jautājumos. Konsultatīvais forums palīdz izpilddirektoram un valdei, sniedzot neatkarīgu padomu par pamattiesību jautājumiem. Foruma sastāvā ir trīs pastāvīgie locekļi, trīs starptautiskas organizācijas un deviņas pilsoniskās sabiedrības organizācijas, ko ieceļ uz trīs gadu termiņu.
Pastāvīgie locekļi:
- Eiropas Savienības Pamattiesību aģentūra (FRA);
- Eiropas Patvēruma atbalsta birojs (EASO);
- Apvienoto Nāciju Organizācijas Augstais komisārs bēgļu jautājumos (UNHCR).
Starptautiskas organizācijas:
- Eiropas Padome;
- Starptautiskā Migrācijas organizācija (IOM);
- Eiropas Drošības un sadarbības organizācija (EDSO).
Pašlaik pārstāvētās pilsoniskās sabiedrības organizācijas:
- AIRE centrs;
- Amnesty International Eiropas iestāžu birojs (AI-EIO);
- Caritas Europa;
- Baznīcu komisija migrantu jautājumos Eiropā (CCME);
- Eiropas Padome bēgļu un izsūtīto personu jautājumos (ECRE);
- Starptautiskā Juristu komisija (ICJ);
- Jezuītu bēgļu dienests (JRS);
- Starptautiskās sadarbības platforma migrantu bez dokumentiem jomā (PICUM);
- Sarkanā Krusta ES birojs (RCEU).
Vaicājumi par jomām, kas ir Pamattiesību biroja kompetencē, jāsūta uz e-pasta adresi FRO@Frontex.europa.eu