Kopīgās operācijas ir visredzamākās no visām aģentūras veiktajām darbībām. Frontex izvieto simtiem robežsardzes un krasta apsardzes darbinieku, kā arī kuģus, automašīnas, lidmašīnas un citu aprīkojumu, lai palīdzētu dalībvalstīm, kas saskaras ar problēmām pie ES ārējām robežām. Šīs operācijas notiek pie Eiropas jūras un sauszemes robežām, kā arī starptautiskajās lidostās. Pašlaik, lai nodrošinātu speciālistus un aprīkojumu savām darbībām, Frontex, galvenokārt, paļaujas uz ES dalībvalstīm un Šengenas asociētajām valstīm, bet aģentūras mērķis ir nomāt un iegādāties pašai savu aprīkojumu. Frontex var arī rēķināties ar vismaz 1500 virsniekiem, kurus var izvietot piecu dienu laikā, lai risinātu ārkārtas situācijas pie Eiropas robežām.
Lai gan aģentūras jūras operācijās, kas notiek Vidusjūras reģionā, tiek atbalstīti Itālijas, Grieķijas un Spānijas centieni mazināt migrācijas radīto spiedienu, arī visas pārējās aģentūras operācijas palīdz novērst dažādu formu pārrobežu noziedzību. Jūras operācijas ietver papildu pienākumus, piemēram, piesārņojuma un nelegālas zvejas monitoringu. Tās tiek īstenotas sadarbībā ar citām ES aģentūrām, galvenokārt Eiropolu, Eiropas Jūras drošības aģentūru (EMSA) un Eiropas Zivsaimniecības kontroles aģentūru (EFCA).
