Pagarba pagrindinėms teisėms ir jų apsauga yra besąlygiška ir esminė veiksmingo integruoto sienų valdymo dalis. Frontex griežtai laikosi Europos Sąjungos pagrindinių teisių chartijos, Europos žmogaus teisių konvencijos ir atitinkamų tarptautinės ir žmogaus teisių teisės dokumentų, įskaitant 1951 m. Konvenciją dėl pabėgėlių statuso ir jos 1967 m. protokolą.
Pagrindinės teisės įtrauktos į Frontex elgesio kodeksus, bendrąją pagrindinę sienos apsaugos pareigūnų mokymo programą ir labiau specializuotą mokymą, pvz., skirtą jūrų ar sausumos sienų stebėjimo pareigūnams arba priverstinio grąžinimo stebėtojams. Ši politika ir gairės padeda geriau suprasti pagrindines teises ir leidžia pareigūnams nustatyti galimus pažeidimus.
Prieš dislokavimą visiems Frontex darbuotojams, taip pat sienos apsaugos pareigūnams ir kitų atitinkamų valstybių narių institucijų, dalyvaujančių Frontex operacijose, nariams suteikiamas mokymas apie pagrindines teises. Visų pirma apie galimybę gauti tarptautinę apsaugą, negrąžinimo principo laikymąsi ir, tam tikrais atvejais, apie paiešką ir gelbėjimą. Pagrindinės teisės visada įtraukiamos į nuolatinio korpuso pareigūnams skirtus operatyvinius informacinius susirinkimus, o apsaugos priemonės ir įsipareigojimai pranešti apie galimus pagrindinių teisių pažeidimus yra įtraukti į visus veiklos planus.
2011 m., iš dalies pakeitus Frontex reglamentą, sukurta pagrindinių teisių pareigūno pareigybė ir konsultacinis forumas pagrindinių teisių klausimais, kurie buvo įtraukti į Frontex struktūrą. Reglamentu (ES) 2019/1896 buvo išplėsti agentūros ir pagrindinių teisių pareigūnų įgaliojimai ir pajėgumai.
Frontex pagrindinių teisių apsaugos ir stebėsenos sistemos pagrindinės dalys:
- Pagrindinių teisių strategija - tai orientacinė sistema, kuria agentūros veiklą siekiama suderinti su pagrindinių teisių standartais ir principais;
- pranešimo apie rimtus incidentus (angl. SIR) procedūra - ja nustatoma, kad kiekvienas Frontex operatyvinės veiklos dalyvis privalo nedelsdamas pranešti apie bet kokius galimus pagrindinių teisių pažeidimus, įskaitant ES acquis ar tarptautinės teisės ir Frontex elgesio kodeksų pažeidimus. Pranešimus apie rimtus incidentus, susijusius su pagrindinėmis teisėmis, tvarko Pagrindinių teisių biuras;
- skundų mechanizmas - juo remdamiesi asmenys, tiesiogiai nukentėję nuo Frontex veikloje dalyvaujančių darbuotojų veiksmų arba neveikimo ir galvojantys, kad buvo pažeistos jų pagrindinės teisės, gali teikti individualius skundus;
- konsultacinis forumas pagrindinių teisių klausimais - jame agentūrai teikiamos nepriklausomos konsultacijos pagarbos pagrindinėms teisėms, jų apsaugos ir skatinimo vykdant visą Frontex veiklą klausimais;
- jėgos naudojimo priežiūros mechanizmas - juo remiantis stebima, kaip agentūros statutiniai darbuotojai, įskaitant nuolatinį korpusą, taiko su jėgos panaudojimu susijusias nuostatas, ir numatoma pareiga pranešti apie incidentus, susijusius su jėgos panaudojimu.
Pagrindinių teisių pareigūnas (angl. FRO) yra įgaliotas stebėti, kaip Frontex vykdo savo įsipareigojimus pagrindinių teisių srityje pagal ES ir tarptautinę teisę, ir konsultuoti vykdomąjį direktorių su pagrindinėmis teisėmis susijusiais klausimais. Pagrindinių teisių pareigūnas ir Pagrindinių teisių biuro darbuotojai atlieka nepriklausomą vaidmenį agentūroje, siekdami remti jos veiklą žmogaus teisių požiūriu ir stiprinti pagarbą pagrindinėms teisėms, jų apsaugą ir skatinimą. Siekdamas veiksmingai stebėti, kaip agentūra paiso pagrindinių teisių, pagrindinių teisių pareigūnas gali atlikti tyrimus, susijusius su bet kokia agentūros veikla ir reguliariai atlikti patikrinimus vietoje.
Pagrindinių teisių pareigūnas teikia nuomones dėl bet kokios Frontex veiklos politikos ir veiklos lygmenimis, taip pat dėl agentūros bendradarbiavimo su partneriais, nustatydamas su pagrindinėmis teisėmis susijusius sunkumus, galimus pagrindinių teisių pažeidimus ar jų riziką. Pagrindinių teisių pareigūnas taip pat informuoja ir konsultuoja vykdomąjį direktorių apie galimus pagrindinių teisių pažeidimus bet kurios agentūros veiklos metu. Pareigūną skiria valdančioji taryba ir jis yra tiesiogiai jai atskaitingas, kaip nurodyta Reglamente (ES) 2019/1896. Pagrindinių teisių pareigūnas yra atsakingas už skundų, gautų naudojantis Frontex skundų nagrinėjimo mechanizmu, ir pranešimų apie rimtus incidentus, susijusius su galimais pagrindinių teisių pažeidimais vykdant Frontex veiklą, nagrinėjimą. Pagrindinių teisių pareigūnui taip pat padeda pagrindinių teisių stebėtojai, kurie, nepriklausomai vykdydami savo užduotis, nuolat stebi ir vertina, ar agentūros veiklos metu yra paisoma pagrindinių teisių.
Pagrindinių teisių pareigūnas skelbia Pagrindinių teisių pareigūno tarnybos veiklos metines ataskaitas pagal Reglamento (ES) 2019/1896 109 straipsnio 4 dalį. Metinėje ataskaitoje pateikiama informacija apie pagrindinių teisių įgyvendinimo padėtį agentūros operatyvinės veiklos srityje pagal Pagrindinių teisių strategiją.
Pagrindinių teisių pareigūno 2020 m. metinė ataskaita.
Pagrindinių teisių stebėtojai, kurie Reglamentu (ES) 2019/1896 numatomi kaip Frontex statutiniai darbuotojai, pagrindinių teisių pareigūno vardu perkeliami į operacijų vykdymo vietas. Jie stebi ir vertina, kaip Frontex veiklos metu paisoma pagrindinių teisių, teikia konsultacijas ir pagalbą šioje srityje, kartu padėdami skatinti pagrindines teises kaip Europos integruoto sienų valdymo dalį. Vykdydami savo veiklą stebėtojai yra svarbi Frontex pagrindinių teisių stebėsenos sistemos dalis. Būdami pagrindinių teisių pareigūno „įgaliojimų vykdytojai“ šioje srityje, jie padeda agentūrai laikytis su pagrindinėmis teisėmis susijusių įsipareigojimų.
Stebėtojai stebi Frontex vykdomą veiklą ir dokumentuoja, kaip laikomasi taikomų pagrindinių teisių standartų. Jie stebi procedūras, susijusias su sienų valdymu, grąžinimu ir aplinka, kurioje jos įgyvendinamos, kartu atkreipdami dėmesį į sunkumus, riziką ir galimybes skatinant ES ir tarptautinę teisę. Todėl stebėtojai bendradarbiauja su Frontex koordinuojant pareigūnus ir praneša apie galimas susirūpinimą keliančias problemas pagrindinių teisių pareigūnui.
Pagrindinių teisių pareigūnas gali paskirti pagrindinių teisių stebėtojus į priverstinio grąžinimo stebėtojų grupę, kuri stebi Frontex koordinuojamas ar remiamas grąžinimo operacijas ir teikia apie jas ataskaitas. Stebėtojų grupė buvo sukurta kaip papildomas nacionalinių stebėsenos mechanizmų mechanizmas.