Il consiglio di amministrazione approva il bilancio, ne verifica l’esecuzione, nomina il direttore esecutivo e i vicedirettori esecutivi, garantisce inoltre la trasparenza dei processi decisionali dell’Agenzia. Essendo il rappresentante legale dell’Agenzia, il direttore esecutivo risponde del suo operato direttamente a questo organo di governance.
Il consiglio di amministrazione, che si riunisce cinque volte all’anno, è composto da rappresentanti delle autorità di frontiera dei 26 Stati membri dell’UE che appartengono allo spazio Schengen, più due membri della Commissione europea. Anche Islanda, Liechtenstein, Norvegia e Svizzera, che non sono Stati membri dell’UE, ma sono paesi associati Schengen, inviano un rappresentante al consiglio di amministrazione, godono però di diritti di voto limitati.
I rappresentanti del Regno Unito e della Repubblica d’Irlanda sono anche invitati a partecipare alle riunioni del consiglio di amministrazione, ma non hanno diritto di voto a causa della loro decisione (prima dell’istituzione di Frontex nel 2004) di partecipare solo parzialmente alla cooperazione in ambito Schengen.