Az Ügynökség tevékenységei közül a közös műveletek a legszembetűnőbbek. A Frontex több száz határ- és partvédelmi tisztviselőt, valamint hajókat, szárazföldi gépjárműveket, repülőgépeket és egyéb felszereléseket küld ki, hogy segítse azokat a tagállamokat, amelyek kihívásokkal szembesülnek az EU külső határain. Ezek a műveletek Európa tengeri és szárazföldi határain, valamint a nemzetközi repülőtereken zajlanak. A Frontex műveleteihez jelenleg többnyire az EU tagállamai és a schengeni társult országok biztosítják a szakosodott tisztviselőket és a felszereléseket, de az Ügynökség a jövőben szeretne elmozdulni saját felszerelés lízingelése és vásárlása felé. A Frontex legalább 1 500 fős szekértői állománnyal rendelkezik, akik öt napon belül alatt mozgósíthatók az európai határokon felmerülő vészhelyzetek kezelésére.
Míg az Ügynökség mediterrán térségben zajló tengeri műveletei Olaszországot, Görögországot és Spanyolországot alapvetően a migrációs nyomás kezelésében támogatják, az Ügynökség valamennyi művelete segít a határokon átnyúló bűnözés különböző formáinak kezelésében is. A tengeri műveletek további feladatokat is magukban foglalnak, mint például a környezetszennyezés és az illegális halászat nyomon követését. Ezeket más uniós ügynökségek, különösen az Europol, az Európai Tengerészeti Biztonsági Ügynökség (EMSA) és az Európai Halászati Ellenőrző Hivatal (EFCA) együttműködésével valósítják meg.
