Az alapvető jogok tiszteletben tartása és védelme minden Frontex-tevékenység központi eleme. Az ügynökség munkatársai és a Frontex műveleteiben részt vevő nemzeti tisztviselők képzést kapnak az alapvető jogokról és a nemzetközi védelemhez való hozzáférésről a kiküldetést megelőzően, míg az alapvető jogok megsértésének bejelentésére vonatkozó kötelezettség minden műveleti terv szerves része.
Az alapjogi tisztviselő – aki függetlenül végzi feladatait – közvetlenül az igazgatótanácsnak tesz jelentést, és együttműködik az alapjogi konzultációs fórummal. A konzultációs fórum független tanácsokkal segíti az ügyvezető igazgatót és az igazgatótanácsot az alapvető jogokkal kapcsolatos kérdésekben. Három állandó tagból, három nemzetközi szervezetből és kilenc, hároméves időtartamra kiválasztott civil szervezetből áll:
Állandó tagok:
- Az Európai Unió Alapjogi Ügynöksége (FRA)
- Európai Menekültügyi Támogatási Hivatal (EASO)
- Az ENSZ Menekültügyi Főbiztosának Hivatala (UNHCR)
Nemzetközi szervezetek:
- Európa Tanács
- Nemzetközi Migrációs Szervezet (IOM)
- Európai Biztonsági és Együttműködési Szervezet (EBESZ)
Jelenleg képviselettel rendelkező civil társadalmi szervezetek:
- AIRE Centre
- Amnesty International European Institutions Office (AI-EIO)
- Caritas Europa
- Európai Egyházak Menekültügyi Bizottsága (CCME)
- Menekültek és Számkivetettek Európai Tanácsa (ECRE)
- Jogászok Nemzetközi Bizottsága (ICJ)
- Jezsuita Menekültügyi Szolgálat (JRS)
- Platform az okmányokkal nem rendelkező bevándorlókkal kapcsolatos nemzetközi együttműködésért (PICUM)
- Vöröskereszt EU Iroda (RCEU)
Az Alapjogi Hivatal által lefedett területekre vonatkozó kérdéseket a FRO@frontex.europa.eu címre kell küldeni.