Poštovanje i zaštita temeljnih prava osnovna su načela rada Frontexa. Zaposlenici Agencije i nacionalni službenici koji sudjeluju u aktivnostima Frontexa prolaze osposobljavanje o temeljnim pravima i pristupu međunarodnoj zaštiti prije izlaska na teren, a obveza prijave potencijalnih kršenja temeljnih prava sastavni je dio svakog operativnog plana.
Službenik za temeljna prava koji neovisno izvršava sve svoje zadatke odgovara izravno Upravnom odboru i surađuje sa Savjetodavnim forumom o temeljnim pravima. Savjetodavni forum pomaže izvršnom direktoru i Upravnom odboru neovisnim savjetovanjem o pitanjima temeljnih prava. Sastoji se od tri stalna člana, tri međunarodne organizacije i devet organizacija civilnog društva odabranih za trogodišnji mandat:
Stalni članovi:
- Agencija Europske unije za temeljna prava (FRA)
- Europski potporni ured za azil (EASO)
- Visoki povjerenik Ujedinjenih naroda za izbjeglice (UNHCR)
Međunarodne organizacije:
- Vijeće Europe
- Međunarodna organizacija za migracije (IOM)
- Organizacija za europsku sigurnost i suradnju (OESS)
Trenutačno zastupljene organizacije civilnog društva:
- AIRE centar
- Ured organizacije Amnesty International pri europskim institucijama (AI EIO)
- Caritas Europa
- Crkvena komisija za migrante u Europi (CCME)
- Europsko vijeće za izbjeglice i prognanike (ECRE)
- Međunarodna komisija pravnika (ICJ)
- Isusovačka služba za izbjeglice (JSR)
- Platforma za međunarodnu suradnju u vezi s neprijavljenim migrantima (PICUM)
- Ured Crvenog križa Europske unije (RCEU)
Upite u vezi područja koje obuhvaća Ured za temeljna prava potrebno je uputiti na e-adresu FRO@frontex.europa.eu