Upravni odbor donosi proračun i provjerava njegovo izvršenje, imenuje izvršnog direktora i njegove zamjenike te osigurava transparentnost u donošenju odluka na razini Agencije. Kao zakonski zastupnik Agencije, izvršni direktor za svoje aktivnosti odgovara izravno tom upravnom tijelu.
Upravni se odbor sastaje pet puta godišnje, a sastoji se od predstavnika voditelja tijela nadležnih za nadzor granica iz 26 država članica EU-a koje pripadaju schengenskom prostoru te dva člana Europske komisije. Island, Lihtenštajn, Norveška i Švicarska, koje nisu države članice EU-a, ali su pridružene schengenskom prostoru, također imaju svoje predstavnike u Upravnom odboru, no imaju ograničeno pravo glasa.
Predstavnici Ujedinjene Kraljevine i Republike Irske također su pozvani da sudjeluju na sastancima Upravnog odbora, no nemaju pravo glasa zbog svoje odluke (donesene prije osnivanja agencije Frontex 2004. godine) da samo djelomično sudjeluju u schengenskoj suradnji.