Les opérations conjointes sont les activités les plus visibles de l’agence. Celle-ci déploie des centaines de garde-frontières et de garde-côtes, ainsi que des bateaux, des voitures, des avions et d’autres équipements pour apporter une assistance aux États membres confrontés à des difficultés aux frontières extérieures de l’UE. Ces opérations se déroulent aux frontières maritimes et terrestres de l’Europe, ainsi que dans des aéroports internationaux. À l’heure actuelle, Frontex s’appuie principalement sur les États membres de l’UE et les pays associés à l’espace Schengen pour mettre à disposition les agents spécialisés et les équipements requis pour ses opérations, mais l’agence se tourne progressivement vers la location et l’achat de son propre équipement. Elle peut également compter sur une réserve d’au moins 1 500 agents qui peuvent être déployés dans un délai de cinq jours pour affronter des situations d’urgence aux frontières de l’Europe.
Si les opérations maritimes de Frontex en Méditerranée viennent en aide à l’Italie, à la Grèce et à l’Espagne dans leurs actions de contrôle de la pression migratoire, toutes les opérations de l’agence contribuent également à juguler différentes formes de criminalité transfrontalière. Les opérations maritimes incluent des tâches supplémentaires, telles que le contrôle de la pollution et de la pêche illicite. Ces opérations sont mises en œuvre avec la coopération d’autres agences de l’UE, dont, en particulier, Europol, l’Agence européenne pour la sécurité maritime (AESM) et l’Agence européenne de contrôle des pêches (AECP).