Perusoikeuksien kunnioittaminen ja suojeleminen ovat Frontexin kaiken toiminnan ytimessä. Viraston henkilöstö ja Frontexin toimiin osallistuvat kansalliset virkailijat saavat koulutusta perusoikeuksista ja kansainvälisen suojelun saamisesta ennen lähettämistä. Jokaiseen toimintasuunnitelmaan kuuluu velvollisuus raportoida mahdollisista perusoikeuksien rikkomuksista.
Perusoikeusvaltuutettu suorittaa tehtävänsä riippumattomasti. Hän toimii suoraan hallintoneuvoston alaisuudessa ja tekee yhteistyötä perusoikeuksien neuvoa-antavan foorumin kanssa. Neuvoa-antava foorumi avustaa pääjohtajaa ja hallintoneuvostoa antamalla riippumatonta neuvontaa perusoikeuskysymyksissä. Foorumiin kuuluu kolme pysyvää jäsentä, kolme kansainvälistä järjestöä ja yhdeksän kansalaisjärjestöä, jotka valitaan kolmen vuoden kaudeksi:
Pysyvät jäsenet:
- Euroopan unionin perusoikeusvirasto (FRA)
- Euroopan turvapaikka-asioiden tukivirasto (EASO)
- YK:n pakolaisvaltuutettu (UNHCR)
Kansainväliset järjestöt:
- Euroopan neuvosto (EN)
- Kansainvälinen siirtolaisuusjärjestö (IOM)
- Euroopan turvallisuus- ja yhteistyöjärjestö (Etyj)
Foorumissa tällä hetkellä olevat kansalaisjärjestöt:
- AIRE Centre
- Amnesty Internationalin toimisto EU:n toimielimissä (AI-EIO)
- Caritas Europa
- Euroopan kirkkojen siirtolaiskomitea (CCME)
- Euroopan pakolais- ja ihmisoikeusjärjestöjen neuvottelukunta (ECRE)
- Kansainvälinen lakimieskomissio (ICJ)
- Jesuiittojen pakolaispalvelu (JRS)
- Platform for International Cooperation on Undocumented Migrants (perittomia siirtolaisia koskeva kansainvälisen yhteistyön foorumi PICUM)
- Punaisen Ristin EU:n toimisto (RCEU)
Perusoikeusvaltuutetun toimintaa koskevat kysymykset on lähetettävä osoitteeseen FRO@frontex.europa.eu