Hallintoneuvosto hyväksyy talousarvion ja tarkistaa sen toteutumisen, nimittää pääjohtajan ja varapääjohtajat sekä varmistaa viraston päätöksentekomenettelyjen avoimuuden. Pääjohtaja on viraston oikeudellinen edustaja, ja hän on suoraan vastuussa hallintoneuvostolle.
Viisi kertaa vuodessa kokoontuvan hallintoneuvoston jäseninä on Schengenin alueen säännöksiä noudattavan EU:n 26 jäsenvaltion rajaviranomaisen päällystön edustajia. Lisäksi jäseninä on kaksi Euroopan komission edustajaa. Myös Islanti, Liechtenstein, Norja ja Sveitsi, jotka eivät ole EU:n jäseniä mutta ovat Schengen-yhteistyöhön osallistuvia maita, lähettävät hallintoneuvostoon edustajansa, joiden äänestysoikeus on kuitenkin rajallinen.
Myös Yhdistyneen kuningaskunnan ja Irlannin tasavallan edustajat kutsutaan osallistumaan hallintoneuvoston kokouksiin, mutta heillä ei ole äänioikeutta, koska maat päättivät (ennen Frontexin perustamista vuonna 2004) osallistua vain osittain Schengen-yhteistyöhön.