Põhiõiguste austamine ja kaitsmine on Frontexi kõigi tegevuste keskmes. Frontexi töötajad ja liikmesriikide ametnikud, kes osalevad ameti operatsioonidel, läbivad enne lähetamist põhiõiguste ja rahvusvahelise kaitse kasutamise koolituse. Kohustus teatada võimalikest põhiõiguste rikkumistest on lõimitud igasse tegevuskavasse.
Põhiõiguste ametnik, kes on oma ülesannete täitmisel sõltumatu, allub vahetult haldusnõukogule ja teeb koostööd põhiõiguste nõuandefoorumiga. Nõuandefoorum abistab tegevdirektorit ja haldusnõukogu, andes erapooletut nõu põhiõiguste küsimustes. Sellesse kuulub kolm alalist liiget, kolm rahvusvahelist organisatsiooni ja üheksa kodanikuühiskonna organisatsiooni, kes valitakse kolmeks aastaks.
Alalised liikmed:
- Euroopa Liidu Põhiõiguste Amet (FRA)
- Euroopa Varjupaigaküsimuste Tugiamet (EASO)
- ÜRO Pagulaste Ülemvoliniku Amet (UNHCR)
Rahvusvahelised organisatsioonid:
- Euroopa Nõukogu (CoE)
- Rahvusvaheline Migratsiooniorganisatsioon (IOM)
- Euroopa Julgeoleku- ja Koostööorganisatsioon (OSCE)
Praegu esindatud kodanikuühiskonna organisatsioonid:
- AIRE Centre
- Amnesty Internationali esindus ELi institutsioonide juures (AI-EIO)
- Caritas Europa
- Euroopa kirikute rändekomisjon (CCME)
- Euroopa Põgenike ja Pagulaste Nõukogu (ECRE)
- Rahvusvaheline Juristide Komisjon (ICJ)
- Jesuiitide Pagulasteenistus (JRS)
- Registreerimata rändajate teemalise rahvusvahelise koostöö platvorm (PICUM)
- Punase Risti ELi büroo (RCEL)
Küsimused põhiõiguste ametniku käsitletavate valdkondade kohta tuleb saata aadressil FRO@frontex.europa.eu.