Haldusnõukogu võtab vastu eelarve ja kontrollib selle täitmist, nimetab ametisse tegevdirektori ja tegevdirektori asetäitja ning tagab ameti otsustusmenetluste läbipaistvuse. Tegevdirektor kui ameti juriidiline esindaja allub oma tegevuses vahetult haldusnõukogule.
Viis korda aastas kogunev haldusnõukogu koosneb Schengeni ala sätteid kohaldava 26 ELi liikmesriigi piirivalveasutuste juhtide esindajatest ja kahest Euroopa Komisjoni liikmest. Ka Island, Liechtenstein, Norra ja Šveits, mis ei ole ELi liikmesriigid, kuid on Schengeni lepinguga ühinenud riigid, saadavad haldusnõukogusse oma esindaja, kuid neil on piiratud hääleõigus.
Haldusnõukogu koosolekutel kutsutakse osalema ka Ühendkuningriigi ja Iirimaa esindajaid, kuid neil ei ole hääleõigust, sest need riigid otsustasid (enne Frontexi asutamist 2004. aastal) osaleda Schengeni koostöös ainult osaliselt.