Las operaciones conjuntas se encuentran entre las actividades de mayor visibilidad de la Agencia. Esta despliega cientos de agentes de la guardia de fronteras y costas, junto con buques, vehículos, aeronaves y otros equipos para ayudar a los Estados miembros a afrontar los retos de las fronteras exteriores de la UE. Tales operaciones se llevan a cabo en las fronteras marítimas y terrestres de Europa, así como en aeropuertos internacionales. En la actualidad, Frontex utiliza principalmente los recursos de los Estados miembros de la UE y los países asociados al espacio Schengen a la hora de facilitar técnicos especializados y equipos para sus operaciones, pero la Agencia está dando pasos hacia la compra y el arrendamiento de su propio equipo. Frontex también puede contar con un grupo de al menos 1 500 agentes que pueden desplegarse en un plazo de cinco días para hacer frente a emergencias en las fronteras de Europa.
Mientras que las operaciones marítimas de la Agencia que tienen lugar en el Mediterráneo apoyan a Italia, Grecia y España en la gestión de la presión migratoria, todas sus operaciones ayudan también a hacer frente a diversas formas de delincuencia transfronteriza. Las operaciones marítimas incluyen tareas adicionales, como la vigilancia de la contaminación y la pesca ilegal. Estas se llevan a cabo con la cooperación de otras agencias de la UE, en particular, la Agencia Europea de Seguridad Marítima (AESM) y la Agencia Europea de Control de la Pesca (AECP).
