Το διοικητικό συμβούλιο εγκρίνει τον προϋπολογισμό και ελέγχει την εκτέλεσή του, διορίζει τους εκτελεστικούς και αναπληρωτές εκτελεστικούς διευθυντές και μεριμνά για τη διαφάνεια των διαδικασιών λήψης αποφάσεων του Οργανισμού. Ως νόμιμος εκπρόσωπος του Οργανισμού, ο εκτελεστικός διευθυντής λογοδοτεί για τις δραστηριότητές του απευθείας στο εν λόγω όργανο διοίκησης.
Το διοικητικό συμβούλιο, το οποίο συνεδριάζει πέντε φορές ετησίως, αποτελείται από εκπροσώπους των αρχηγών των συνοριακών αρχών των 26 κρατών μελών της ΕΕ που δεσμεύονται από τις διατάξεις του χώρου Σένγκεν, καθώς και από δύο μέλη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής. Στο διοικητικό συμβούλιο εκπροσωπούνται επίσης, αλλά με περιορισμένα δικαιώματα ψήφου, η Ισλανδία, το Λιχτενστάιν, η Νορβηγία και η Ελβετία, που δεν είναι κράτη μέλη της ΕΕ αλλά συνδεδεμένες χώρες Σένγκεν.
Εκπρόσωποι του Ηνωμένου Βασιλείου και της Δημοκρατίας της Ιρλανδίας καλούνται επίσης να συμμετάσχουν στις συνεδριάσεις του διοικητικού συμβουλίου, αλλά δεν έχουν δικαίωμα ψήφου λόγω της απόφασής τους (πριν από την ίδρυση του Frontex το 2004) να συμμετάσχουν μόνο εν μέρει στη συνεργασία Σένγκεν.