Οι κοινές επιχειρήσεις είναι οι επιχειρήσεις του Οργανισμού με τη μεγαλύτερη προβολή. Ο Frontex αναπτύσσει εκατοντάδες υπαλλήλους συνοριοφυλακής και ακτοφυλακής, μαζί με σκάφη, οχήματα, αεροσκάφη και λοιπό εξοπλισμό, προκειμένου να συνδράμει τα κράτη μέλη που αντιμετωπίζουν προκλήσεις στα εξωτερικά σύνορα της ΕΕ. Οι επιχειρήσεις αυτές πραγματοποιούνται στα θαλάσσια και χερσαία σύνορα της Ευρώπης, καθώς και σε διεθνή αεροδρόμια. Επί του παρόντος, ο Frontex βασίζεται κυρίως στα κράτη μέλη της ΕΕ και στις συνδεδεμένες χώρες Σένγκεν για την παροχή του ειδικευμένου προσωπικού και του εξοπλισμού που απαιτούνται για τις επιχειρήσεις του, ωστόσο προσανατολίζεται προς την κατεύθυνση της μίσθωσης και της αγοράς του δικού του εξοπλισμού. Ο Frontex μπορεί επίσης να βασίζεται σε προσωπικό τουλάχιστον 1 500 υπαλλήλων, οι οποίοι μπορούν να αναπτυχθούν μέσα σε πέντε ημέρες προκειμένου να αντιμετωπίσουν καταστάσεις έκτακτης ανάγκης στα σύνορα της Ευρώπης.
Παρότι οι θαλάσσιες επιχειρήσεις του Οργανισμού που είναι σε εξέλιξη στη Μεσόγειο παρέχουν υποστήριξη στην Ιταλία, την Ελλάδα και την Ισπανία προκειμένου να αντιμετωπίσουν τις μεταναστευτικές πιέσεις, το σύνολο των επιχειρήσεων του Οργανισμού συμβάλλει και στην αντιμετώπιση διαφόρων μορφών διασυνοριακού εγκλήματος. Οι θαλάσσιες επιχειρήσεις περιλαμβάνουν και άλλα καθήκοντα, όπως παρακολούθηση της ρύπανσης και της παράνομης αλιείας. Οι επιχειρήσεις αυτές υλοποιούνται με τη συνεργασία άλλων οργανισμών της ΕΕ, ιδίως δε της Ευρωπόλ, του Ευρωπαϊκού Οργανισμού για την Ασφάλεια στη Θάλασσα (EMSA) και της Ευρωπαϊκής Υπηρεσίας Ελέγχου της Αλιείας (EFCA).
