Der Verwaltungsrat genehmigt den Haushaltsplan und überprüft dessen Ausführung, ernennt den Exekutivdirektor und den stellvertretenden Exekutivdirektor und sorgt dafür, dass die Beschlussverfahren der Agentur transparent sind. Als gesetzlicher Vertreter der Agentur ist der Exekutivdirektor gegenüber diesem Leitungsorgan direkt für seine Tätigkeiten rechenschaftspflichtig.
Der Verwaltungsrat tritt fünfmal im Jahr zusammen und setzt sich aus Vertretern der Leiter von Grenzbehörden in den 26 EU-Mitgliedstaaten, die den Schengen-Bestimmungen unterliegen, sowie aus zwei Mitgliedern der Europäischen Kommission zusammen. Island, Liechtenstein, Norwegen und die Schweiz, die keine EU-Mitgliedstaaten, jedoch Schengen-assoziierte Länder sind, entsenden ebenfalls einen Vertreter in den Verwaltungsrat, wenn auch mit eingeschränktem Stimmrecht.
Vertreter des Vereinigten Königreichs und der Republik Irland werden ebenfalls zur Teilnahme an den Sitzungen des Verwaltungsrats eingeladen. Aufgrund ihres Beschlusses (vor der Gründung von Frontex im Jahr 2004), sich nur teilweise an der Schengen-Zusammenarbeit zu beteiligen, haben sie jedoch keine Stimmrechte.