Bestyrelsen godkender budgettet og kontrollerer dets gennemførelse, udnævner den administrerende direktør og den viceadministrerende direktør og sikrer gennemsigtigheden i agenturets beslutningsprocedurer. Som agenturets retlige repræsentant er den administrerende direktør direkte ansvarlig for sine aktiviteter over for dette ledelsesorgan.
Bestyrelsen, som mødes fem gange om året, består af repræsentanter for lederne af grænsemyndighederne i de 26 EU-medlemsstater, der er underlagt bestemmelserne om Schengenområdet, samt to medlemmer af Europa-Kommissionen. Island, Liechtenstein, Norge og Schweiz, der ikke er EU-medlemsstater, men associerede Schengenlande, har også en repræsentant i bestyrelsen, men har begrænset stemmeret.
Repræsentanter for Det Forenede Kongerige og Republikken Irland inviteres også til at deltage i bestyrelsesmøderne, men har ingen stemmeret på grund af deres beslutning (inden oprettelsen af Frontex i 2004) om kun at deltage i en del af Schengensamarbejdet.