Správní rada schvaluje rozpočet a ověřuje jeho plnění, jmenuje výkonného ředitele a jeho zástupce a zajišťuje transparentnost rozhodovacích postupů agentury. Výkonný ředitel je jakožto právní zástupce agentury za svou činnost přímo odpovědný tomuto správnímu orgánu.
Správní rada, která se schází pětkrát do roka, je složena ze zástupců nejvyšších představitelů pohraničních orgánů 26 členských států EU vázaných ustanoveními schengenského prostoru a ze dvou členů Evropské komise. Do správní rady vysílají svého zástupce také Island, Lichtenštejnsko, Norsko a Švýcarsko, které nejsou členskými státy EU, ale jsou zeměmi přidruženými k Schengenu. Ti však mají omezená hlasovací práva.
K účasti na zasedáních správní rady jsou zváni také zástupci Spojeného království a Irska, nemají však – vzhledem ke svému rozhodnutí (předcházejícímu zřízení agentury Frontex v roce 2004) účastnit se schengenské spolupráce jen částečně – žádná hlasovací práva.