Управителният съвет одобрява бюджета и проверява изпълнението му, назначава изпълнителния директор и неговия заместник и осигурява прозрачността на процедурите на Агенцията за вземане на решения. Като законен представител на Агенцията, изпълнителният директор се отчита пряко за работата си пред този управителен орган.
Управителният съвет, който заседава пет пъти годишно, е съставен от представители на ръководителите на граничните органи на 26-те държави — членки на ЕС, обвързани от разпоредбите относно Шенгенското пространство, плюс двама членове на Европейската комисия. Исландия, Лихтенщайн, Норвегия и Швейцария, които не са държави — членки на ЕС, но са асоциирани към Шенген държави, също излъчват свой представител в управителния съвет, но имат ограничени права на глас.
Представители на Обединеното кралство и Република Ирландия също са поканени да участват в заседанията на управителния съвет, но нямат право на глас поради тяхното решение (взето преди създаването на Frontex през 2004 г.) да участват само частично в шенгенското сътрудничество.